Pues buscando por la red, he encontrado un programa que permite formatear discos 
de mas de 40Gb en FAT32. Para usarlo en un disco externo USB o si quereis compartir 
datos con un Linux.

El programa se llama: fat32format.zip

Se usa desde MS-Dos.

Modo de uso:

Inicio -> Ejecutar ... -> Escribimos [COMI]cmd[COMI] (sin comillas)

Se abrira una ventana MS-Dos. Escribimos [COMI]cd ..[COMI] hasta que estemos en la raiz C:

Descomprimimos el programa en C:

Y lo ejecutamos con:

fat32format I: (Cambiando I: por la letra de Unidad que querais formatear)